A microbiota bucal é muito variada, e esse sítio representa um dos que possui diversidade bacteriana no organismo. Existem micro-organismos residentes e não residentes, mas ambos os tipos podem estar associados a patologias. No que se refere aos principais gêneros de micro-organismos encontrados na boca, são
A
cocos Gram-positivos: Neisseria e Veillonella.
B
cocos Gram-negativos: Staphylococcus, Stomatococcus e Streptococcus.
C
cocos Gram-negativos: Enterococcus, Staphylococcus e Streptococcus.
D
bacilos Gram-positivos Actinomyces, Prevotella e Pseudomonadaceae (família).
E
bacilos Gram-negativos: Actinobacillus, Fusobacterium e Porphyromonas.