O cisto palatino mediano é um cisto fissural que se desenvolve do epitélio retido ao longo da linha de fusão embrionária das cristas palatinas laterais da maxila. Para diferenciar o cisto palatino mediano de outras lesões císticas da maxila, tem-se o seguinte critério:
localização posterior à papila incisiva.
associação íntima com um dente não vital.
comunicação com o canal incisivo.
evidências microscópicas de feixes neurovasculares, cartilagem hialina ou glândulas salivares menores na parede cística.
área radiolúcida na linha média sem evidência clínica de expansão (aumento de volume) no palato.