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No Brasil, o Ministério da Justiça, através da Secretaria Nacional de Segurança Pública, criou um protocolo de padronização de exames na perícia criminal no ano de 2006, onde utiliza o CODIS (Combined DNA System Index) de pelo menos 13 loci de STRs, requeridos à elaboração dos perfis de DNA: CSF1PO, FGA, TH01, TPOX, vWA, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D18S51 e D21S11. Esse protocolo é de uso obrigatório na análise forense no Brasil, porém fica na responsabilidade do laboratório, estabelecer sua própria regulamentação, podendo utilizar mais marcadores além dos 13 supracitados. Identifique o tipo de amostra que não pode ter seu perfil genético inserido no CODIS no Brasil.
Criminosos condenados por crimes previstos em lei.
Vestígios verdadeiros coletados em local de crime.
Cadáveres humanos com identidade ignorada.
Familiares de desaparecidos para identificar cadáveres.
Familiares de criminosos para identificar vestígios.