Na visão de Pontes (2002), o método de avaliação por objetivos apresenta algumas limitações decorrentes do próprio método e outras, ocasionadas por problemas existentes na própria empresa, no momento de sua utilização. Segundo este autor, independente dos problemas existentes na empresa, a maior limitação deste método é que sua aplicação:
foi prevista para a utilização individual.
é, comparativamente, mais demorada em relação aos métodos tradicionais.
persegue, rigidamente, objetivos que deveriam ser substituídos ou abandonados em função de mudanças no cenário da empresa.
depende da avaliação centrada unicamente nos resultados e não nas causas que os provocaram.
apresenta dificuldades no estabelecimento de padrões de desempenho visando a melhorias em profissionais que exercem trabalhos por demais simples e rotineiros.