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A classificação sanitária dos animais de laboratório é definida com base nos organismos associados aos animais e ao ambiente físico. A microbiota associada aos animais são:
Bactérias, fungos, vírus e parasitos.
Ácaros e nematódeos de vida livre.
Poríferos, celenterados e rotíferos.
Fungos, parasitos e celenterados.
Lêmures e celenterados.