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A Portaria nº 1.378 de 2013 do Ministério da Saúde regulamenta as responsabilidades e diretrizes para as ações de Vigilância em Saúde pela União, Estados, Distrito Federal e Municípios. Segundo essa Portaria, compete às Secretarias Municipais de Saúde:
a coordenação e execução das ações de vacinação integrantes do Programa Nacional de Imunizações, incluindo a vacinação de rotina com as vacinas obrigatórias, as estratégias especiais como campanhas e vacinações de bloqueio e a notificação e investigação de eventos adversos e óbitos temporalmente associados à vacinação.
a promoção e implementação do desenvolvimento de estudos, pesquisas e transferência de tecnologias que contribuam para o aperfeiçoamento das ações e incorporação de inovações na área de Vigilância em Saúde.
a normatização técnica.
a coordenação do Sistema Nacional de Laboratórios de Saúde Pública (LACEN), nos aspectos relativos à Vigilância Sanitária, com estabelecimentos de normas técnicas e gerenciais.
a promoção da cooperação e do intercâmbio técnico científico com organismos governamentais e não governamentais, de âmbito nacional e internacional, na área de Vigilância Sanitária.