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A taxa de contaminação e os tipos de microrganismo presentes no leite geralmente são decorrentes de diferentes fontes: o interior do úbere, o exterior do úbere e os equipamentos e utensílios utilizados pela indústria, entre outras. Desde o momento que sai do úbere, o leite fica exposto a contaminações externas. Não é uma das principais fontes de contaminações do leite por microorganismos:
A contaminação fecal.
As mãos do ordenhador, hábitos higiênicos e de limpeza, utensílios, recipientes, água de limpeza e sistemas de obtenção e condução do leite.
O ar do estábulo, pêlos, pele e úbere do animal.
Os produtos utilizados na limpeza e desinfecção dos equipamentos.