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Muitas doenças podem ser transmitidas pela água e são ocasionadas principalmente por microrganismos patogênicos de origem entérica, animal ou humana. Esses microrganismos são transmitidos basicamente pela via oral-fecal. São microorganismos considerados universalmente como indicadores biológicos de contaminação de águas e monitorados na indústria alimentícia:
Listeria sp.
Clostridium sp.
Bacillus anthracis.
Streptococcus sp.
Coliformes fecais.