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Os efeitos protetores do sistema complemento vão além da destruição microbiana mediada por complexos terminais. Um destes efeitos é:
Um aumento da coagulação do sangue.
A redução da inflamação.
A inibição da quimiotaxia de neutrófilos por meio da C3e.
A interação de C3d e linfócitos T quando este ligar-se a algum antígeno.
Aumento da quimiotaxia de linfócitos T por meio da C3a.