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Em algumas situações é necessário a associação de antimicrobianos para termos sucesso terapêutico, entretanto, a associação de alguns antimicrobianos é contraindicada devido ao antagonismo que elas exercem, como é o caso da associação entre:
Penicilina G benzatina e estreptomicina.
Cefalotina e metronidazol.
Ampicilina e ácido clavulânico.
Gentamicina e cloranfenicol.
Eritromicina e rifampicina.