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O objetivo da quarentena de animais recém-adquiridos é evitar a introdução de agentes patogênicos ao plantel preexistente. O período definido para quarentena em organismos aquáticos, de acordo com o Regulamento Técnico do Programa Nacional de Sanidade de Animais Aquáticos (Pnsaa), varia de acordo com
a origem dos animais e o fim a que se destinam, sendo maior em animais para consumo e menor para os ornamentais.
o grau de vulnerabilidade quanto à extinção da espécie, sendo menor para espécies ameaçadas.
a idade dos animais adquiridos, sendo maior para os reprodutores e menor para os animais jovens e alevinos.
o tempo necessário para análise e conclusão dos resultados laboratoriais oficiais, sem prazos predeterminados.