A implantação de Sistemas de Gestão Integrados é realizada por muitas empresas que visam obter diversas vantagens competitivas através destas ferramentas. No entanto, nem sempre estão de acordo com os objetivos e benefícios buscados pela organização, além de apresentar algumas desvantagens. Constitui-se em uma desvantagem dos Sistemas de Gestão Integrados:
A diminuição dos custos e erros gerada através da eliminação de redundância de atividades.
O alto custo e a necessidade de tempo, dedicação e colaboração constantes durante a implantação.
O aumento da eficiência devido à otimização do fluxo e qualidade da informação dentro da organização.
A redução dos limites de tempo de resposta ao mercado por meio da otimização do processo de decisões.