Protocolo é o serviço encarregado do recebimento, registro, classificação, distribuição, controle da tramitação e expedição de documentos. A Classificação consiste em:
registro de documento no SEP, dando-lhe um número de capaz de garantir o controle de sua tramitação.
operação intelectual que consiste em analisar e determinar o assunto de um documento.
recebimento da documentação que dá entrada na instituição efetuando a separação dos documentos recebidos em oficial ostensivo ou sigiloso e particular.
envio dos documentos e correspondências aos setores competentes.
controle do andamento dos documentos e processos dentro da instituição, o que só é possível com o envolvimento de todos os setores do órgão, através do envio de guias/boletins de documentos.