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Bactérias presentes na rizosfera são essenciais à obtenção de nitrogênio pelas plantas. Ao contrário de outros minerais do solo, cujo abastecimento é proveniente do desgaste das rochas, as formas inorgânicas de nitrogênio absorvidas pelos vegetais, o íon amônio e, principalmente, o íon nitrato, provêm da atividade bacteriana. A respeito dos processos envolvidos na obtenção desses compostos, pode-se afirmar que:
a transformação de nitrato em amônio ocorre por ação de bactérias amonificantes anaeróbias que vivem associadas a leguminosas.
o nitrogênio atmosférico pode ser diretamente absorvido por certas espécies vegetais, em cujas células de raízes vivem associadas bactérias amonificantes.
a presença da proteína leg-hemoglobina em alguns nódulos de raízes proporciona um ambiente anaeróbio ideal para a fixação de nitrogênio por bactérias Rhizobium.
o complexo enzimático nitrogenase, presente em bactérias fixadoras, é o responsável pela redução do nitrito do solo a nitrato.
as bactérias nitrificantes produzem amônio pela decomposição de proteínas e outros compostos nitrogenados presentes no húmus.