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A maioria das amostras clínicas pode ser examinada diretamente em busca da presença de um patógeno fúngico, embora resultados negativos não sejam sensíveis o bastante para excluir a presença de um fungo. São empregadas múltiplas técnicas para o exame direto do material clínico. A técnica de coloração que permite o estudo da reação do hospedeiro e a determinação quanto a um fungo ser hialino (incolor) ou dematiáceo (naturalmente pigmentado) é
Giemsa ou Wright.
Ácido Periódico de Schiff (PAS).
Calcoflúor branco.
Coloração de Gram.
Hematoxilina e eosina (H&E).