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O principal objetivo da técnica de eletroforese de proteínas é:
separar proteínas com base em suas propriedades de solubilidade;
determinar a concentração de proteínas em uma amostra;
identificar mutações genéticas em sequências de DNA;
separar proteínas com base em suas diferenças de carga elétrica e tamanho;
quantificar a atividade enzimática das proteínas presentes em uma amostra.