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A partir da aplicação de métodos robustos de sistemática filogenética, analisando milhares de caracteres morfológicos e comportamentais e milhões de caracteres moleculares, a relação filogenética dos animais tem sido desvendada. Algumas características similares, que antes pareciam indicar uma característica ancestral compartilhada (homologia) agora se sabe que tratam de uma convergência evolutiva (homoplasia). Esse é o caso da similaridade que ocorre entre
a moela dos jacarés e a das aves.
o braço de um sapo e o de um rato.
o embrião de um peixe e o de uma galinha.
a nadadeira de um peixe e a de um golfinho.
o ovo de uma ave e o de uma tartaruga.