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A classificação dos animais deve refletir a história evolutiva dos organismos e de suas características. Hipóteses de homologias são testadas por meio de técnicas de sistemática filogenética e, quando aceitas, definem grupos monofiléticos. Um exemplo de clado atualmente aceito, com sua respectiva sinapomorfia, é
invertebrados; ausência de uma coluna vertebral derivada da notocorda.
peixes; vertebrados com mandíbulas e nadadeiras.
crustáceos; apêndices birremes.
moluscos; manto com glândulas da concha.
répteis; escamas dérmicas reptilianas.