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A análise microscópica da urina permite avaliar de forma minuciosa procurando por pequenas substâncias, como células, fragmentos de células, muco, bactérias e outros germes, cristais e cilindros urinários. Assim sendo, afirma-se que:
Quando se visualiza um alto número de hemácias na amostra indica que há sangue na urina, sendo possível identificar de onde o sangue está vindo.
Quando se visualiza um número aumentado de leucócitos e/ou um teste positivo para esterase leucocitária pode indicar uma infecção ou inflamação do trato urinário.
É normal encontrar muitas células epiteliais na urina, indicando o estado de saúde normal.
A presença de cristais pode ser anormal e indicar problemas cerebrais, principalmente quando em pequena quantidade.
Os cilindros são pequenas partículas semelhantes a fungos que às vezes podem infectar os rins, aparecendo na urina.