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A diversidade funcional das proteínas é extensivamente atribuída às suas estruturas tridimensionais, que são determinadas primariamente pela:
Ordem dos aminoácidos na cadeia polipeptídica.
Sequência de nucleotídeos no DNA.
Presença de ácidos nucleicos associados.
Configuração dos carboidratos ligados.
Quantidade de ligações peptídicas.