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A degradação do material genético em protocolos de extração de DNA pela metodologia de fenol-clorofórmio geralmente está relacionada a
presença residual de RNAse.
contaminação por proteínas.
exposição a DNAses endógenas não inativadas.
excesso de fenol, provocando a estabilização de fragmentos curtos.
uso de tampão EDTA, que impede a correta precipitação do DNA.