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Com o avanço nos estudos em sistemática, os especialistas sugerem organizar os reinos dos seres vivos em três domínios: Bactéria, Archaea e Eukarya. Uma diferença marcante entre os domínios Bactéria e Archaea está:
No citoesqueleto.
No envoltório nuclear.
Na configuração cromossômica.
No processo fotossintético com o uso de clorofila.