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O equipamento de coleta indicado pela literatura científica para uma avaliação quanti e qualitativa da biodiversidade em córregos tropicais é:
garrafa de Van Dorn, para as comunidades de moluscos perifíticos.
draga de Petersen, para as comunidades de protistas na coluna da água.
coletor de Eckman, para as comunidades de cianobactérias planctônicas.
amostrador de Surber, para as comunidades da entomofauna bentônica.