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O controle de determinadas doenças depende do controle de seus vetores, o que constitui um dos grandes desafios da saúde pública no Brasil. Esse controle envolve a investigação das condições dos ecossistemas, fundamentais para a proliferação dos insetos transmissores de doenças. Uma das atividades do Setor de Controle de Vetores é a investigação entomológica por ocasião de caso autóctone dessas doenças, como
dengue e esquistossomose.
malária e leishmaniose.
doença de Chagas e cólera.
Chikungunya e giardíase.
Zika e leptospirose.