Segundo a Portaria nº 1.378/2013, do GM/MS, a Agência Nacional de Vigilância Sanitária deve
coordenar o Programa Nacional de Imunizações, incluindo a definição das vacinas componentes do calendário nacional.
regular, controlar e fiscalizar os procedimentos, os produtos, as substâncias e os serviços de saúde e de interesse para a saúde.
coordenar a preparação e a resposta das ações de vigilância em saúde nas emergências de Saúde Pública de importância nacional e internacional.
prover os insumos de prevenção, o diagnóstico e o tratamento de doenças sexualmente transmissíveis, relacionados pelos programas das comissões tripartites.
prover os insumos destinados ao controle de doenças transmitidas por vetores, compreendendo inseticidas, larvicidas e moluscocidas - indicados pelos programas.