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Os estudos dos sistemas agroindustriais seguem duas principais correntes metodológicas: o “Commodity System Approach” e o “Análise de Filière (ou Cadeias de Produção)”. Na Análise de Filière,
a base teórica é derivada dos aspectos metodológicos de economia internacional, uma vez desenvolvida a partir de estudos para as cadeiras produtivas da laranja, do trigo e da soja nos EUA, e sua consecutiva tentativa de adaptação para a realidade de outros países.
a metodologia, apesar de sua relevância para o estudo do caso estadunidense, teve pouca aceitação para aplicação em pesquisas de outros países, especialmente para a proposição de uma visão sistêmica do agronegócio, dado seu elevado nível de especificidade para a análise da realidade desse país.
a metodologia agrega elementos relativos à produção, deixando de incorporar aspectos referentes às relações comerciais e/ou financeiras que agregam o processo produtivo; trata-se de uma análise focada nos aspectos específicos do ciclo de produção.
o entendimento das cadeias de produção é incorporado como uma sucessão de operações de transformação dissociáveis, capazes de ser separadas e ligadas entre si por um encadeamento técnico.