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Para coordenar o desenvolvimento de suas atividades, a Divisão de Vigilância Epidemiológica Municipal estrutura-se em núcleos, a saber:
Núcleo de Vigilância das Doenças Transmissíveis e Núcleo de Controle da Violência.
Núcleo de Vigilância das Doenças Transmissíveis, Núcleo de Doenças Não Transmissíveis e Núcleo de Imunizações.
Núcleo de Controle da Violência e Núcleo de Controle de Doenças Infectocontagiosas.
Núcleo de Vigilância das Doenças Transmissíveis, Núcleo de Controle da Violência e Núcleo de Imunizações.
Núcleo de Vigilância das Doenças Transmissíveis, Núcleo de Doenças Não Transmissíveis e Núcleo de Controle de Doenças Infectocontagiosas.