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As técnicas de biologia molecular para detecção do DNA-HPV são novas ferramentas de diagnóstico da infecção pelo vírus. Atualmente indicam-se a captura híbrida de segunda geração e a reação de cadeia de polimerase (PCR) para:
seguimento de HSIL
casos com citologia de ASC-US para optar pelo seguimento ou colposcopia
casos de células glandulares endocervicais atípicas com colposcopia positiva
rastreio de câncer de colo uterino isolado ou associado à citologia em mulheres com menos de 30 anos