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A classificação do HIV é feita por meio da análise filogenética de sequências nucleotídicas dos vírus. A classificação atual é hierárquica e consiste em tipos, grupos, subtipos e formas recombinantes. O HIV-1 e o HIV-2 são tipos distintos do vírus, mais distantes filogeneticamente. O HIV-1 é subdividido em quatro grupos chamados:
AG, CG, UG e JG
JX, PG, WY e JU
WR, CG, VG e LG
MG, NG, OG e PG