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Algumas estratégias de utilização de microrganismos como agentes de controle biológico consistem basicamente na seleção de certos microrganismos eficazes e no desenvolvimento de bioprodutos baseados em linhagens únicas, consideradas efetivas em condições experimentais. Esses microrganismos têm grande potencial para interferir no crescimento ou sobrevivência dos patógenos diretamente, contribuindo, desse modo, para o controle biológico. Eles apresentam ação de supressão de patógenos que atacam os frutos na pós-colheita, sendo aplicados diretamente na superfície de frutos, raízes e tubérculos colhidos. Tais microrganismos de biocontrole são conhecidos como:
Antagonistas.
Protagonistas.
Aleloquímicos.
Fitopatógenos.
Hiperparasitas.