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Apesar da grande diversidade dos sistemas agroecológicos, algumas características fundamentais devem distingui-los dos sistemas convencionais. O texto abaixo refere-se à seguinte característica fundamental dos sistemas agroecológicos:
O ambiente homogêneo das monoculturas é propício à proliferação de pragas e doenças. Baseado nessa característica, o sistema torna-se um ambiente favorável para inimigos naturais, além das plantas diversificadas constituírem barreiras físicas à proliferação dos fitopatógenos. Desta forma, nos sistemas agroecológicos de produção, é muito comum práticas como consorciação e rotação de culturas.
Devem ter biodiversidade.
Devem enfatizar a reciclagem dos nutrientes.
Devem usar tecnologias adaptadas às condições locais.
Deve ser resgatada e conservada a diversidade genética local.
Devem aproveitar ao máximo os recursos disponíveis no local.