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Os metabólitos secundários não apresentam papeis reconhecidos nos processos fisiológicos das plantas e são restritos a uma espécie vegetal ou a um grupo de espécies (Taiz e Zeiger, 2009). São funções dos metabolitos secundários:
Proteger as plantas contra os herbívoros e contra a infecção por microrganismos.
Agir como atrativos (odor, cor ou sabor) para animais polinizadores e dispersores de sementes.
Atuam como agentes na competição planta – planta.
Atuam nas simbioses plantas – microrganismos.
Além das funções acima citadas, pode-se afirmar que a capacidade de competição e sobrevivência das plantas é afetada pelas funções ecológicas dos seus metabolitos secundários, exercendo relevante papel na agricultura.