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Como em qualquer análise laboratorial, a coleta adequada das amostras é de fundamental importância para garantir representatividade, e, portanto, resultados confiáveis. Sobre o procedimento de coleta de águas, seja superficial ou subterrânea, pode-se afirmar que
os frascos de coleta devem ser quimicamente inertes e permitir uma perfeita vedação, variando o tipo de material do frasco de acordo com os parâmetros a serem determinados na análise da amostra.
não há necessidade de verificação do prazo de validade dos reagentes ou das condições dos frascos de coleta das amostras.
o planejamento para determinar o programa de coleta de amostras, levando em consideração os métodos analíticos que serão aplicados e a quantidade de amostras necessárias, pode ser dispensado na maioria dos casos.
após a coleta, a amostra poderá ficar exposta à luz por vários dias, até a sua chegada ao laboratório para ser analisada.
o coletor não deve utilizar luvas no caso de coleta de águas suspeitas de contaminação.