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Por definição, é considerada como hotspot toda área com pelo menos 1.500 espécies endêmicas (que só existem naquela região) e que já perdeu mais de ¾ (três quartos) de sua vegetação original. Entre os seis biomas brasileiros, os dois que estão na lista mundial de hotspots são:
Amazônia e Caatinga.
Pampa e Mata Atlântica.
Caatinga e Cerrado.
Cerrado e Mata Atlântica.
Amazônia e Cerrado.