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Como qualquer ser vivo, as bactérias também precisam de oxigênio. As bactérias aeróbias utilizam-se do oxigênio livre na atmosfera ou dissolvido na água. Além disso, existem as bactérias que têm que abrir, ou decompor, substâncias compostas para obtenção do oxigênio e são conhecidas como:
proteicas
anaeróbias
vitamínicas
patogênicas