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As regiões do Brasil com mais espécies ameaçadas variam dependendo dos grupos taxonômicos analisados, mas, em geral, as áreas com maior biodiversidade e pressão antrópica destacam-se pela maior concentração de espécies em risco. A estratégia indicada para a conservação de espécies ameaçadas em ecossistemas fragmentados é a
restrição total do uso humano em todas as áreas naturais, independentemente de sua ocupação prévia.
criação de corredores ecológicos que conectem fragmentos florestais isolados.
introdução de espécies não nativas para aumentar a biodiversidade local.
redução das populações de predadores naturais para proteger espécies ameaçadas.