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A autodepuração é um processo prolongado, composto por diversos estágios de sucessão ecológica, conhecidos como zonas de depuração. Em uma zona específica, o nitrogênio está presente na forma orgânica, sendo uma grande parte na forma de amônia. No final dessa zona, observa-se a presença de oxigênio dissolvido, o que pode favorecer a oxidação da amônia a nitrito.
Essa zona é chamada de:
Zona de degradação
Zona de decomposição ativa
Zona de recuperação
Zona de águas limpas