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Os principais organismos encontrados nos esgotos são: as bactérias, os fungos, os protozoários, os vírus e as algas. Deste grupo, os responsáveis pela decomposição e estabilização da matéria orgânica, tanto na natureza como nas estações de tratamento são:
as bactérias.
os fungos.
os protozoários.
os vírus e as algas.