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Os agentes desinfetantes apresentam limitações específicas que podem comprometer sua eficácia em condições ambientais variadas. O composto quaternário de amônio caracteriza-se por:
Baixa eficácia quando exposto a matéria orgânica, que pode inativá-lo e reduzir significativamente seu potencial antimicrobiano em superfícies contaminadas.
Risco elevado de corrosão de metais e vidrarias, o que restringe seu uso a materiais descartáveis e ambientes não hospitalares.
Ação instável em presença de água destilada, que acelera a degradação da molécula ativa e compromete a durabilidade da solução preparada.
Elevada toxicidade sistêmica em ambientes fechados, que contraindica seu uso em setores hospitalares voltados à neonatologia e nutrição.