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Além do repovoamento na região dos reservatórios, devem-se adotar medidas para recomposição das condições naturais do rio, combate à destruição das matas ciliares e à poluição das águas, causada pelo uso de agrotóxicos nas lavouras.
Em unidades de conservação, há uma zona de amortecimento, na qual as atividades humanas se sujeitam a normas e restrições específicas, a fim de que os impactos negativos sobre a unidade sejam minimizados.
O ProFrota Pesqueira, criado pelo governo federal, visa modernizar a frota pesqueira brasileira, oferecendo recursos para investimento a taxas subvencionadas, visando financiar a aquisição, construção, conversão, modernização, adaptação e equipagem de embarcações pesqueiras.
Em diversos estudos sobre gestão e ordenamento de recursos pesqueiros, prevalece o entendimento de que tais recursos podem ser mais bem geridos quando controlados diretamente pelo Estado, sem a participação dos pescadores.
A má administração dos reservatórios pode contribuir para a ocorrência de desequilíbrio ambiental, degradação da qualidade da água e da diversidade biológica, descontrole no uso de recursos hídricos e má conservação desses recursos.
A prática da aquicultura em águas públicas da União, a partir de parques aquícolas, somente foi viabilizada legalmente com a aprovação, pelo governo federal, da Lei n.o 11.959/2009, que trata da Política Nacional de Desenvolvimento Sustentável da Aquicultura e da Pesca.
O manejo do pirarucu em diversas áreas da Amazônia, destacando-se Mamirauá, é um exemplo de que não se devem utilizar instrumentos complementares de gestão pesqueira.
O repovoamento de reservatórios com alevinos provenientes de cativeiros aumenta a variabilidade genética da população do ambiente repovoado.
A limitação de comprimento mínimo de captura de determinada espécie protege os animais virgens e imaturos dessa espécie, possibilitando que eles atinjam a maturação e se reproduzam pelo menos uma vez.
O critério da precaução no ordenamento da atividade pesqueira, como abordado no CICPR, só deve ser aplicado a partir de informações científicas adequadas e fidedignas, sendo a falta de informação científica, argumento suficiente para protelar a tomada de decisões.
O repovoamento de rios e represas vem sendo praticado como resposta aos processos de degradação ambiental, excesso de pesca ou pesca inadequada nos ambientes naturais.
Em planos de manejo da ictiofauna, a definição de pontos de referência para fins de gestão de uma pescaria deve ser baseada em modelos de avaliação de estoques, associados aos fatores e aos aspectos econômicos e sociais decorrentes dessa pescaria.
A prática do finning — aproveitamento apenas das nadadeiras de tubarões, com descarte dos cartuchos — nas pescarias de emalhe e espinhel, ora proibida nas pescarias brasileiras, contribui para a depleção dos estoques de tubarões e representa um grande dano ecológico e um desperdício econômico.
Nos termos dos regulamentos vigentes, são considerados resíduos os materiais a serem descartados oriundos da área de produção e das demais áreas do estabelecimento.
A adoção de medidas de gestão do uso dos recursos pesqueiros, tais como o estabelecimento de defesos e o fechamento de áreas de pesca, como forma de minimizar os efeitos da pesca sobre os estoques de indivíduos aquáticos, visa principalmente a limitação do tamanho das capturas, enquanto o controle do acesso à pesca (limitação do esforço) e a limitação da eficiência de aparelhos de pesca visam a proteção de parte selecionada de um estoque.
São considerados fatores que contribuem para a redução dos riscos de transmissão de enfermidades e de outros efeitos negativos para as populações cultivadas e as nativas ocorrentes nos ambientes: a adoção de práticas adequadas de melhoramento genético dos reprodutores, bem como com a introdução de espécies nativas, em condições de sanidade ideais.
No processo de gestão do uso dos recursos pesqueiros, as medidas de regulação relacionadas com a proteção de reprodutores e com a restrição de aparelhos de pesca, tais como definição de tamanho de malhas de rede, por exemplo, pertencem ao grupo daquelas que visam prioritariamente limitar o tamanho das capturas e concorrem, indiretamente, para proteger parte selecionada de um estoque em explotação.
Nos estudos de biometria das espécies ícticas, o comprimento de um indivíduo é considerado característica biológica que pode refletir a resultante da integração dos diversos fatores ambientais em interação com o patrimônio genético de uma espécie, oferecendo, assim, importantes informações com vistas ao manejo dessa ictiofauna.
Os termos restrições sobre aparelho de pesca e limitação da eficiência de aparelhos de pesca, usados como medidas de manejo e gestão da ictiofauna, são considerados equivalentes.