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A teoria de clareiras pode ser útil para o manejo de espécies tropicais dentro da estrutura de floresta em regeneração. Muitas espécies tropicais de floresta primária necessitam de clareiras para germinar, crescer ou se reproduzir. As plantas se especializam nos microclimas encontrados em clareiras de diferentes tamanhos.
A cobertura vegetal estratificada, comum em formações florestais, tem maior eficiência na retenção do impacto das gotas de chuva sobre o solo que os cultivos agrícolas.
Para as capoeiras que se localizem em áreas cuja inclinação seja de 15º a 25º, devem ser priorizadas espécies autóctones de valor comercial.
Para esses tipos de vegetação, em área com prioridade de proteção, margeando rios e com inclinação maior de 25º, devem ser usadas espécies autóctones que apresentem maior deficiência em índice de valor de importância.
Propostas de recuperação de áreas degradadas devem ter como objetivo o retorno dos processos naturais da ciclagem de nutrientes, do ciclo hidrológico, da infiltração de água no solo e do escoamento superficial.
A recuperação da vegetação deve iniciar-se na faixa marginal do curso d’água com espécies de proteção e de produção. Respeitando-se a largura de um metro de faixa marginal, as espécies de produção poderão ser exploradas futuramente.
A recuperação de áreas degradadas visa ao retorno a uma condição de utilização tecnicamente compatível com valores ambientais, culturais e sociais locais.
Em áreas naturais submetidas a corte raso, o banco de sementes relativamente não-perturbado e a rebrota de troncos e raízes contribuem para o rápido estabelecimento da vegetação.
O estabelecimento de árvores é possível em área de pastagens abandonadas, mesmo havendo baixas densidades de sementes de árvores no banco de sementes do solo e taxas reduzidas de chegada de sementes.
Para manejar capoeiras com finalidades de proteção e(ou) de produção de alguma renda deve-se tomar como base o índice de discrepância estrutural.
Uma das formas de recomposição da vegetação ciliar é o seu isolamento por meio de cercas e aceiros, mas essa recomposição depende do stand residual das espécies arbóreas na área.
Em um enfoque sistêmico para a recuperação de ambientes degradados, deve-se procurar restaurar as condições originais da área degradada e eliminar ou controlar as causas da degradação na paisagem.
Na recuperação de matas de galeria degradadas, os plantios devem ter início pelas cabeceiras dos cursos d'água, visando a proteção das suas nascentes.
No planejamento de um programa de recuperação de ambientes degradados, deve-se considerar que florestas tropicais mistas como as da Amazônia não contêm espécies de ampla distribuição geográfica.
A intensidade e duração das perturbações que ocorreram no ambiente vão determinar a resiliência do ecossistema e, portanto, nortear a trajetória a ser adotada no programa de recuperação ou reabilitação.
O estabelecimento de bons indicadores de avaliação e monitoramento de programas de recuperação de ambientes degradados, tais como parâmetros vegetacionais, meso e macrofauna edáfica, torna-se simples em mata atlântica devido à homogeneidade desse tipo de ambiente em condições naturais.