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Alguns organismos estão normalmente presentes nos cursos d’água e interferem negativamente no processo de tratamento da água quando em elevado número no manancial de abastecimento. Possuem a capacidade de alterar significativamente o pH da água bruta, gerar sabor e odor, reduzir a sedimentabilidade dos flocos, entre outros problemas. Esses organismos são as (os):