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Algumas substâncias orgânicas são um desafio à depuração biológica, já que o nível de biodegradação é extremamente baixo ou nulo, e ainda muitas vezes acabam prejudicando a decomposição de outros poluentes associados.
Para romper as estruturas desses compostos orgânicos devem ser usados processos
de microfiltragem.
químicos oxidativos.
de tratamentos eletroquímicos.
de evaporação.
de abrandamentos.