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Proveniente da junção de duas palavras de origem indígena ("mangara"- ponta da banana e "tiba"- local onde existe abundância), a exploração do território do município verificou-se por volta de 1534, época em que foram doadas as capitanias hereditárias.

A razão primordial que impediu o rápido progresso de sua colonização foi a presença dos índios tamoios, que não davam tréguas aos desbravadores, saqueando as moradias e as lavouras.

Só a partir de 1619 fez o governador do Rio e Janeiro, Martim de Sá, vir de Porto Seguro índios tupiniquins já catequizados para, com os jesuítas e seu filho Salvador Corrêa de Sá e Benevides, implantar aldeamentos na região, próximo à praia denominada São Brás.

Somente em 1700, no entanto, os índios construíram uma capela dedicada ao culto de Nossa Senhora da Guia, em local onde hoje é a sede do município.