Atualmente, os Centros Acadêmicos existentes na estrutura organizacional da UEPA são:
A
Centro de Filosofia, Ciências Humanas e Educação – CFCHE; Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS; Centro de Ciências e Tecnologia – CCT.
B
Centro de Ciências Naturais e Tecnologia – CCNT; Centro de Ciências da Saúde – CCS; Centro de Educação e Ciências Sociais – CECS.
C
Centro de Ciências Sociais e Educação - CCSE; Centro de Ciências da Sociedade – CCS; Centro de Ciências Biológicas e da Saúde – CCBS.
D
Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS; Centro de Ciências Sociais e Educação - CCSE; Centro de Ciências Naturais e Tecnologia - CCNT.