A Lei de criação dos Institutos Federais (Lei nº 11.892, de 29 de dezembro de 2008) dispõe sobre diversos aspectos dessas organizações, inclusive do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de São Paulo (IFSP). Sobre a estrutura organizacional dos Institutos, é possível afirmar que:
O Colégio de Dirigentes, de caráter consultivo, será composto pelo Reitor, pelos Pró-Reitores e pelo Diretor-Geral de cada um dos campi que integram o Instituto Federal.
O Conselho Superior, de caráter consultivo, será composto por representantes dos docentes, dos estudantes, dos servidores técnico-administrativos, dos egressos da instituição, da sociedade civil, do Ministério da Educação e do Colégio de Dirigentes do Instituto Federal, assegurando-se a representação paritária dos segmentos que compõem a comunidade acadêmica.
A reitoria, como órgão de administração central, deverá ser instalada em espaço físico distinto de qualquer dos campi que integram o Instituto Federal.
Poderão ser nomeados Pró-Reitores apenas os servidores ocupantes de cargo efetivo da carreira docente, desde que possuam o mínimo de 5 (cinco) anos de efetivo exercício em instituição federal de educação profissional e tecnológica.