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A doença do enxerto versus hospedeiro crônica, geralmente ocorre após cem dias do transplante e, ainda, tende a se desenvolver mais em pacientes idosos que também tiveram doença do enxerto versus hospedeiro aguda. São considerados sintomas indicativos de doença do enxerto versus hospedeiro crônica, EXCETO:
Sinusite crônica.
Erupções cutâneas.
Anormalidades renais.
Espessamento da pele semelhante à observada na esclerodermia.