No exercício da auditoria operacional devem ser examinados

os fluxos, os sistemas, as políticas e os procedimentos utilizados pela organização.

a adequação, a compatibilidade, excluindo a análise da eficiência e a eficácia da estrutura organizacional.

a qualidade da estrutura dos controles internos gerenciais da organização e sua aderência.

a qualidade dos fluxos operacionais, dos sistemas de processamento e das informações sobre operações e transações.

a economicidade no uso dos recursos humanos, materiais e financeiros, e o desempenho da organização em relação às metas individuais e coletivas.