A finalidade da auditoria médica é:

produzir informações para subsidiar o planejamento das ações que contribuam para a organização das unidades hospitalares.

orientar o repasse de recursos para estados e municípios que são feitos de acordo com PEA e independem da eficácia e resolutividade dos serviços de saúde.

aferir a preservação dos padrões estabelecidos e proceder ao levantamento de dados que permitam conhecer a qualidade, a quantidade, os custos e os gastos da atenção à saúde.

conferir o grau de execução das ações de atenção básica à saúde, programas, contratos, convênios e acordos.