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O exame anatomopatológico dos tecidos provenientes de indivíduos acometidos por leptospirose revela:
proliferação da íntima dos vasa vasorum da aorta;
rins diminuídos e o limite entre a cortical e a medular impreciso;
na biópsia renal e hepática, impossibilidade de identificar antígenos;
raramente, a presença de lesões cardíacas;
na biópsia hepática, ausência de destrabeculação.